Da ormai molti anni Acse si è dotata di un Sistema di gestione per la qualità, diventato operativo con l'inizio del 2002. A seguito delle verifiche ispettive effettuate da ANCIS (organismo di certificazione accreditato SINCERT) il Sistema è stato dichiarato conforme alla norma UNI EN ISO 9001:2000.
Il relativo certificato di conformità è stato emesso il 23 maggio 2002 ed è stato rinnovato il 30 marzo 2005 e il 19 maggio 2008, a seguito del riesame completo del sistema.

Le attività oggetto della certificazione - richiamate nella politica per la qualità e l'ambiente - sono due, entrambe relative al settore EA33:

• analisi, progettazione e sviluppo di applicazioni software su commessa
• erogazione di servizi professionali in materia di information technology.

Per il 2008 gli obiettivi aziendali per la qualità sono, nell'ordine:

• migliorare l'efficienza dei processi produttivi: servizi professionali
• migliorare l'efficienza dei processi produttivi: progetti software
• fidelizzare i clienti esistenti e acquisirne di nuovi
• incrementare il numero dei clienti che ritengono il servizio offerto "conforme alle attese"
• verificare l'efficacia nella gestione dei reclami e dei problemi segnalati dai clienti
• migliorare la formazione interna, rispondendo meglio alle esigenze formative del personale
• aumentare il livello di consapevolezza degli obiettivi individuali del personale